Parmi tous les instruments célébrés par le prêtre roux, la flûte joue un rôle important. Tout porte à croire qu’il s’agit majoritairement de la flûte à bec, dont le succès est encore très grand en Italie à cette époque. C’est à la flûte qu’est dédiée la seule édition de concertos de Vivaldi qui ne soient pas destinés au violon (opus X) ; c’est autour de la flûte que sont écrits les Concerti da camera, où l’instrument rivalise de virtuosité avec le violon, le hautbois et le basson.